Les séminaristes vivent en communauté. La communauté du Séminaire est un lieu de vie fraternelle et d’apprentissage du presbyterium. Elle est aussi le lieu où s’unifie la formation. Les séminaristes sont appelés à y prendre la responsabilité de divers services de la maison et à y vivre la prise en charge responsable de leur formation tout entière. La communauté se rassemble chaque jour pour les Offices du matin et du soir, ainsi que pour célébrer l’Eucharistie. Périodiquement, le supérieur la réunit pour des entretiens. Les séminaristes ont en même temps à découvrir leurs diocèses respectifs et la place qu’ils auront à y prendre comme prêtres diocésains, en communion avec leur évêque et l’ensemble des prêtres, au service du peuple de Dieu.
Le Séminaire de Saint-Sulpice se présente comme un ensemble institutionnel qui comporte deux cycles. Coordonnés dans leurs objectifs, articulés dans leurs programmes et leurs moyens de formation, le 1er et le 2nd cycle ont un fonctionnement propre et autonome. Ils sont néanmoins dirigés par le même Conseil, présidé par le même supérieur. Ce Conseil travaille sous l’autorité du Conseil provincial de la Compagnie de Saint-Sulpice et des évêques qui leur confient des candidats au ministère presbytéral.
Conformément aux orientations de la « Ratio fundamentalis » publiée par la Congrégation pour le clergé le 8 décembre 2016, le Séminaire mène de front la formation intellectuelle, la formation pastorale et la formation spirituelle. Il vise ainsi, selon les orientations du décret « Optatam Totius » n°4 (Concile Vatican II), à former des pasteurs donnés à la mission de l’Église, animés dans leur ministère par l’Esprit du Christ, fondés personnellement dans la foi de l’Église et intellectuellement préparés pour l’annonce de l’Évangile à ce monde.
Chaque membre du Conseil est à la fois enseignant, formateur, tuteur, directeur spirituel (excepté le supérieur qui n’est pas directeur spirituel) et accompagnateur des séminaristes dans leur insertion pastorale. Cela répond au même souci d’unité de la formation dans une visée pastorale.
D’autres professeurs ou intervenants externes participent à certains aspects de la formation. Les relations du Séminaire avec les diocèses sont facilitées par le Délégué Diocésain auprès des séminaristes, en particulier pour les insertions pastorales. Nommé par son Évêque, il participe au Conseil de fin d’année où l’on parle des séminaristes de son diocèse. Des rencontres entre les Délégués Diocésains et le Conseil sont organisées pour faire le point sur les différents problèmes posés par la formation, en particulier la formation pastorale.